يعتبر بمثابة مجلس إدارة للمنظمة ويختص بالإشراف على شؤون المنظمة ومتابعة تنفيذ قرارات المؤتمر العام. ينعقد المجلس التنفيذي مرة كل عام في إحدى المدن العربية الأعضاء.
يتألف من الأمين العام لمنظمة المدن العربية، -رئيس المدينة التي ينعقد فيها المجلس التنفيذي خلال دورته "رئيس الدورة"، رؤساء العواصم العربية الأعضاء في المنظمة ( ومن ضمنها أمانة القدس الشريف ورؤساء مدن مكة المكرمة والمدينة المنورة والعيون المغربية) وأحد عشر عضوا يمثلون المدن الأعضاء ينتخبهم المؤتمر العام.