تم تشكيل الهيئة الاستشارية العليا للمنظمة عام 2000، وتختص هذه الهيئة بمساعدة أمين عام المنظمة في الأمور الطارئة التي تستلزم اتخاذ قرار يتعلق بمسار المنظمة ومصلحة مدنها الأعضاء في الفترات التي تقع بين دورات المجلس التنفيذي، وحيث أن المؤتمر العام للمنظمة هو أعلى سلطة في المنظمة ويختص برسم سياستها العامة بما يتلاءم مع أهدافها، وحيث أن المجلس التنفيذي من مهامه اتخاذ القرارات اللازمة لتسيير أعمال المنظمة خلال الفترة الواقعة بين فترات انعقاد المؤتمر العام، فإن الأمر يقتضي بأن يستعين الأمين العام للمنظمة بهيئة تعاونه في اتخاذ القرار في الأمور الجوهرية التي تستلزم أخذ المشورة والاستعانة بذوي الخبرة ممن خدموا المنظمة ويتفهمون جيداً رسالتها وأهدافها، وذلك في الفترة الواقعة بين فترات انعقاد المكتب الدائم.

تضم الهيئة الاستشارية العليا في عضويتها كل من:

سعادة/ مدير عام بلدية دبي - دولة الإمارات العربية المتحدة.

سعادة/ رئيس المجلس البلدي - دولة الكويت.

سعادة/ رئيس المجموعة الحضرية للرباط - المملكة المغربية.

معالي/ أمين مدينة الرياض - المملكة العربية السعودية.

سعادة/ رئيس بلدية تونس - الجمهورية التونسية.

سعادة رؤساء المؤسسات التابعة للمنظمة.

سعادة رئيسي الدورة السابقة والحالية للمكتب الدائم للمنظمة (وذلك بشكل دوري).

وللهيئة أن تستعين بمن تراه من أصحاب الخبرة والكفاءة.
تجتمع الهيئة الاستشارية العليا مرتين في السنة المالية على الأقل، كما تعقد الهيئة اجتماعات تنسيقية عشية انعقاد دورات المكتب الدائم والمؤتمر العام بهدف التنسيق والتشاور.